ארגון ההגנה היה נתון למרות הנהגת היישוב , בניגוד למחתרות וארגונים אחרים שפעלו באופן עצמאי, למרות שלעיתים היה שיתוף פעולה. עם הקמת המדינה חויבו הארגונים השונים להתפרק ולהצטרף לכוחות הביטחון הרשמיים. המחתרות, בעיקר האצ"ל הסכימו להצטרף לצה"ל, אבל במסגרת גדודית, לעומת חברי הלח"י, שהסכימו להצטרף כיחידים.
לאחר הקמת המדינה היה צורך להבטיח את קיומה של המדינה, לקבוע את גבולותיה ולהשיג הכרה ותמיכה בינלאומית רחבה ככל האפשר. עד להקמת המדינה פעלה התנועה הציונית בשני מישורים האחד, על ידי ההסתדרות הציונית, והשני על ידי הישוב היהודי בארץ. פעולות אלו הובילו להפיכת הישוב העברי ל"מדינה שבדרך" .
במהלך חודש יוני 1948, הגיעה אוניה עמוסה בנשק ותחמושת, שארגון האצ"ל רכש בעולם, לחופי תל אביב. העיתוי היה אחרי חתימת ההסכם, ולכן המדינה דרשה להעביר אליה את כל הציוד, האצ"ל דרש ש 20% מהציוד יועבר לארגון האצ"ל בירושלים. ממשלת ישראל, בהתאם לגישת הממלכתיות, התנגדה לקיומם של ארגונים צבאיים מחוץ לצבא הגנה לישראל.
