Misją Muzeum II Wojny Światowej w Gdańsku jest stworzenie nowoczesnej placówki, w której opowiedziana zostanie historia wojny jako największego kataklizmu XX wieku. Jest to zadanie ciągle aktualne, ponieważ pomimo upływu ponad 70 lat od wybuchu II wojny światowej, nie ma w Europie muzeum, które w sposób całościowy ukazywałoby przebieg i charakter tego konfliktu.